Tiere artgerecht zu halten, ist ein zentrales Anliegen der Biolandwirtschaft. Neben ausreichend Platz und Auslauf gehören dazu auch eine entsprechende Züchtung, die richtige Fütterung und vorbeugende Maßnahmen für die Gesunderhaltung der Tiere. Die Biotierhaltung ist generell weniger auf die Erzielung von Höchstleistungen ausgerichtet als die konventionelle Tierhaltung, was die Belastung für Tiere und Umwelt verringert.
Mit interdisziplinären und partizipativen Ansätzen entwickelt das FiBL Konzepte zur Verbesserung der Nutztierhaltung auf Biobetrieben. Die Optimierung der Haltungsumwelt und des Managements zur Steigerung des Tierwohls stehen dabei im Fokus. In der Biolandwirtschaft kommen Rassen und Genotypen zum Einsatz, die den besonderen Bedingungen des Ökolandbaus angepasst sind und unter Bedingungen gehalten werden, unter denen sie ein möglichst hohes Tierwohl erreichen. Eine an die jeweilige Genetik und die Leistung angepasste Fütterung und Gesundheitsvorsorge sind dabei ebenso wichtig wie die Stalleinrichtung und Auslaufgestaltung.
Von 2014 bis 2021 koordinierte und betreute das FiBL gemeinsam mit dem Landesbetrieb Landwirtschaft Hessen (LLH) das Tierschutz-Kompetenzzentrum. Aktuell ist das FiBL im bundesweiten Netzwerk Fokus Tierwohl für die methodisch-didaktische Aufbereitung und die Betreuung der Netzwerke Impulsbetriebe Tierwohl verantwortlich. In weiteren Projekten, die im Rahmen der Modell- und Demonstrationsvorhaben (MuD) Tierschutz laufen, werden neue Erkenntnisse, die das Wohl der Tiere fördern, mit konkreten Maßnahmen umgesetzt. Dazu zählen z.B. Prophylaxemaßnahmen zur Minimierung des Antibiotikaeinsatzes in der Geflügelhaltung oder der Verzicht auf nicht-kurative Eingriffe (u.a. Kupieren von Körperteilen) beim Schaf (Tierwohl-Kompetenzzentrum Schaf). Jährlich organisiert das FiBL bis zu 20 Veranstaltungen zu Themen der artgerechten Tierhaltung und Tiergesundheit.
Weiterhin werden Optimierungsansätze bei der Fütterung von Biotieren erarbeitet. Hierzu zählt beispielsweise die Entwicklung für Fütterungsstrategien für ökologisch gehaltene Puten bei unterschiedlicher Wachstumsintensität.