Am FiBL Schweiz wird eine breite Palette an Fragen zum Biolandbau bearbeitet. Die Forschungsthemen reichen von natürlichem Pflanzenschutz über Erhalt von Bodenfruchtbarkeit, Qualität von Lebensmitteln, artgerechte Tierhaltung bis hin zu Fragen der Agrarpolitik und Marktwirtschaft.
Die Forschung am FiBL Schweiz ist in vier Departemente aufgeteilt, die verschiedene Schwerpunkte bearbeiten. Neben den Forschungsdepartementen gibt es die Departemente für Internationale Zusammenarbeit sowie für Beratung, Bildung und Kommunikation.