Le FiBL Suisse traite une grande variété de sujets liés à l’agriculture biologique. Les thèmes de recherche vont de la protection des plantes naturelles à des questions relatives à la politique agricole et l’économie de marché, en passant par le maintien de la fertilité du sol, la qualité des aliments, l’adaptation de l’élevage à l’espèce et les médecines vétérinaires alternatives.
La recherche au FiBL Suisse est répartie en quatres départementes spécialisés qui se concentrent sur des thématiques particulières. Outres les départementes de recherche, il existe également dans chaque domaine un département spécialisé chargé de la formation, de la vulgarisation, de la communication ainsi que de la coopération internationale.