Qu’est-ce le microbiome?
Les microorganismes sont présents partout dans l’environnement, où ils colonisent le sol, les plantes et les animaux. Les microbes interagissent entre eux et avec leur hôte. De plus, les microorganismes forment des communautés stables qui sont essentielles pour le fonctionnement et la santé du sol, des plantes et des animaux. Les microorganismes qui habitent un certain habitat sont appelé la "microbiote" alors que le "microbiome" désigne le microbiote ainsi que l’ensemble des génomes.
Pourquoi c’est important d’étudier le microbiome pour l’agriculture biologique ?
Les communautés microbiennes jouent un rôle important dans des processus essentiels pour l’agriculture. Les microorganismes du sol catalysent des étapes indispensables dans les cycles biogéochimiques qui contribuent à la fertilité des sols et la nutrition des plantes. Les microbes décomposent les plantes et les animaux morts, contribuant ainsi à la formation d'humus. Le microbiote associé aux plants comprend des agents pathogènes, comme Pythium ultimum et Rhizoctonia, qui causent de maladies pour de nombreuse cultures, ainsi que des organismes symbiotiques, par exemple des bactéries fixatrices d'azote et des champignons mycorhizes à arbuscules, qui fournissent les éléments nutritionnels nécessaires à la croissance des plantes. Chez les ruminants, les microbes présents dans le système digestif sont essentiels à la dégradation des fibres végétales telle la cellulose. Comprendre les interactions entre le microbiote et son hôte/habitat et comprendre comment la gestion agricole affecte la santé du microbiome sont des objectifs décisifs pour le développement d'une agriculture plus durable.
Pourquoi une coordination du thème microbiome interdisciplinaire?
Avec le développement récent de nouvelles technologies de séquençage de l'ADN, la recherche sur le microbiome a progressé de façon spectaculaire. Par exemple, l'ADN peut être extrait d'un échantillon environnemental et directement séquencé, une technique appelée "métagénomique". Les méthodes pour comparer les communautés microbiennes dans différents habitats sont similaires. Cette coordination thématique interdisciplinaire offre une plateforme d'échange de protocoles de laboratoire et d'outils bioinformatiques. En outre, nous identifierons de nouvelles possibilités de financement pour rechercher et comprendre les bénéfices des communautés microbiennes pour les plantes et les animaux afin d’augmenter la durabilité de l’agriculture. Finalement, nous aideront nos collègues du FiBL à identifier des stratégies de recherche pour utiliser les communautés de microbes dans l’agriculture biologique.