Das FiBL Schweiz besteht am Standort Frick aus vier Forschungsdepartements sowie dem Departement für Beratung, Bildung & Kommunikation, dem Departement für Internationale Zusammenarbeit und dem Departement für Finanzen, Ressourcen & Administration. Am Standort Lausanne ist das Team des Departements Westschweiz tätig.
Das Organigramm gibt einen Überblick über alle Bereiche des FiBL Schweiz.