Der Stiftungsrat hat als oberstes Gremium die Gesamtverantwortung für das Institut. Er bestimmt die Tätigkeitsschwerpunkte des FiBL und vertritt dieses in strategischen, inhaltlichen und finanziellen Fragen nach aussen.
Im Rahmen der vom Stiftungsrat festgelegten Ausrichtung diskutiert und entscheidet die Geschäftsleitung (GL) über strategische und grundlegende organisatorische Tätigkeiten des FiBL.
Im Rahmen der vom Stiftungsrat und der Geschäftsleitung festgelegten Ausrichtung trägt der Geschäftsleitungsausschuss die Verantwortung für die operative Leitung und Aussenvertretung des gesamten Instituts.