Mit der FiBL Projekte GmbH haben der FiBL Deutschland e. V. und die Stiftung Ökologie & Landbau (SÖL) 2011 eine Dienstleistungsgesellschaft gegründet. Als weitere Gesellschafter kamen Bioland, Naturland und Demeter hinzu.
Außerdem ist das FiBL Deutschland Gesellschafter in weiteren Partnerfirmen, die rund um die Themen Qualitätssicherung und Nachhaltigkeit agieren.