FiBL Schweiz, FiBL Deutschland und FiBL Österreich sind an verschiedenen Firmen beteiligt. Die Sustainable Food Systems GmbH ist eine Ausgründung der drei Institute, die SubstainTec GmbH ist eine Tochterfirma des FiBL Schweiz und FiBL Deutschland ist an der FiBL Projekte GmbH, der Bio mit Gesicht GmbH und der bioC GmbH beteilgt.