Bioaquakultur wird heute zwar weltweit praktiziert, beschränkt sich jedoch nach wie vor auf wenige Arten und Produktionssysteme und macht nur einen Bruchteil der gesamten Aquakultur aus. Eine großflächige Umstellung ist aus Gründen des Umweltschutzes, der Tiergerechtheit, der Einkommenssicherung von Kleinbauern sowie der Erzeugung qualitativ hochwertiger Lebensmittel sinnvoll. Am FiBL liegt der Schwerpunkt der Aquakultur vor allem in den Bereichen Futtermittelentwicklung, tierartgerechte Haltung und Fischgesundheit.
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