Das Biokompetenzzentrum Schlägl wurde im Jahr 2011 vom Absolventenverband der Bioschule Schlägl und dem Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL Österreich) gegründet. In praxisnaher Forschung für die Bioregion Mühlviertel werden aktuelle Themen aus der Biolandwirtschaft aufgegriffen und in Kooperation mit interessierten Biobetrieben im Rahmen von Projekten bearbeitet. Durch die Kooperation mit den LandwirtInnen wird es möglich, Versuche auf landwirtschaftlichen Flächen durchzuführen und relevante Erkenntnisse für die Praxis zu gewinnen. Zusätzlich wird die Vernetzung und Interaktion zwischen den LandwirtInnen aus der Region gefördert. Die unmittelbare Nähe zu Österreichs erster Fachschule für Biologische Land- und Forstwirtschaft ermöglicht einen direkten Wissenstransfer der neuesten Erkenntnisse des Biokompetenzzentrums an die SchülerInnen. Zusätzlich werden die "Schlägler Biogespräche" mitorganisiert, eine zweitägige Bildungsveranstaltung bei der FachreferentInnen aus Österreich, Deutschland und der Schweiz in Schlägl die aktuellen Themen und Probleme des Biolandbaus erörtern.