Les infections parasitaires comptent parmi les plus importants problèmes sanitaires qui touchent les animaux agricoles. Les principaux problèmes sont causés par les vers parasites, les insectes parasites, les acariens et les coccidies. Si les fermes bio doivent s’attendre à davantage de problèmes parasitaires, c’est d’une part parce que les animaux entrent plus souvent en contact avec des parasites à cause des sorties en plein air obligatoires au pâturage et au parcours, et d’autre part à cause de l’interdiction des traitements médicamenteux prophylactiques. Le vermifugeage avec des matières actives de synthèse est actuellement usuelle aussi bien dans les fermes biologiques que dans les exploitations conventionnelles. Leur utilisation est souvent problématique (efficacité diminuée par les résistances, résidus, influence sur les êtres vivants du sol). Des recherches ont été menées ces dernières années tant sur des stratégies de contrôle non médicamenteuses (par exemple gestion des pâturages, sélection d’animaux résistants) que sur différentes stratégies de contrôle basées sur des substances végétales secondaires (plantes fourragères bioactives) ou des champignons antiparasitaires (lutte biologique). Quelques-unes de ces stratégies sont encore en développement tandis que d’autres peuvent déjà être implémentées alors même que leurs effets additionnels peuvent être mis à profit
